В мире, где магия переплетается с высокими технологиями, сюжет «Бакудан» разворачивается вокруг юного протагониста, внезапно обретшего дар управления стихиями. Теперь ему предстоит противостоять тёмным силам, нависшим угрозой над его родным городом. По ходу повествования герою придётся преодолевать множество опасностей и испытаний.

После разгрома Седьмого флота США атомная субмарина «Ямато» взяла курс на Нью-Йорк. За ней следует новейшая американская подлодка, нацеленная на её уничтожение. На фоне приближающихся выборов премьер-министр Японии оказывает «Ямато» поддержку, что лишь подливает масла в огонь.

После гибели родителей Тайо Асано остался совершенно один. Единственная, кто о нём заботится, — его школьная подруга и одноклассница Муцуми Ёдзакура. Но у неё есть опасный секрет: Муцуми возглавляет клан шпионов, и это ставит под угрозу и её саму, и Тайо. Ситуация становится ещё более рискованной, когда в дело вмешиваются внешние силы, и грань между обычной жизнью и миром разведки окончательно стирается.